JMOL Software Tutorial

JMOL

Setelah sebelumnya dijelaskan mengenai aplikasi kimia Qute Mol, kali ini saya akan menjelaskan aplikasi lain yang bernama Jmol. Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam bentuk tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum.

Jmol merupakan aplikasi yang gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, yakni dapat berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame.

Untuk memulai menggunakan Jmol pertama-tama tentu kita buka aplikasi Jmol, diaman tampilan awal aplikasi ini adalah sebagai berikut :

 

Pada tulisan kali ini, untuk memudahkan penjelasan tentang jmol, saya akan memberikan contoh dengan membuat model struktur isobutanol.

 Untuk pertamakali kliki ikon ‘open the model kit’ pada toolbar. pertama-tama buatlah struktur molekul isobutana yang terdiri dari 4 atom C, 3 rantai induk dan 1 cabang.

 

Buat gugus OH untuk membuat isobutanol dengan cara klik kanan rantai atom C induk terakhir, gantilah atom C dengan atom O. klik pada atom C tersebut dan tarik hingga muncul aatom H berwarna merah. 

 

Kita juga dapat merubah warna background sesuai dengan warna yang kita sukai dengan cara klik pada ikon Rotate Molecule, klik kanan pada background, klik color, kemudian klik background dan pilih warna yang anda inginkan. 

 

Selain itu dengan aplikasi Jmol kita juga dapat melihat molekul yang kita buat dengan tampilan tertentu seperti tampilan Dot, tampilan Van Der Waals dan tampilan lainnya dengan cara klik kanan, klik surface dan sesuaikan tampilan dengan yang dikehendaki. 

  

Anda juga dapat memberi nama pada gambar yang dibuat dengan cara klik display-label dan pilih Name untuk menamai unsur tersebut. selain itu kita juga dapat menamainya dengan nomer. Pada aplikasi ini juga dapat menghitung jarak antar atom.

 

Anda juga dapat memutar gambar untuk mendapatkan sudut pengamatan tertentu dengan cara klik kanan pada background lalu klik spin.

Semoga bermanfaat. Selamat Mencoba!

Situs resmi : http://jmol.sourceforge.net/download/

Sumber : http://jmol.sourceforge.net/